วัดจองคำสร้างเมื่อ พ.ศ. 2370 โดยพระยาสิหนาทราชาหรือเจ้าเมืองคนแรกของแม่ฮ่องสอน ใช้ช่างฝีมือชาวไทใหญ่เป็นศิลปะแบบไทใหญ่ ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 2 กันยายน พ.ศ. 2518 และได้รับพระราชทานยกขึ้นเป็นพระอารามหลวงชั้นตรีชนิดสามัญเมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2527[1]

อาคารเสนาสนะได้แก่ เจดีย์ หรือชาวไทใหญ่เรียกว่า กองมู มีลักษณะคล้ายมณีทบ รูปทรงจุฬามณี ความสูง 32 ศอก ฐานสี่เหลี่ยมมีมุข 4 ด้าน พร้อมสิงห์ด้านละหนึ่งตัว ประดิษฐานพระพุทธรูปนั่งด้านละหนึ่งองค์ และเริ่มสร้างเมื่อเดือนมีนาคม พ.ศ. 2456 สร้างแล้วเสร็จในเดือนมกราคม พ.ศ. 2458 โดยศรัทธาขุนเพียร (พ่อเลี้ยงจองนุ) พิรุญกิจและแม่จองเฮือนคหบดี ชาวแม่ฮ่องสอนและในองค์พระเจดีย์ได้บรรจุพระบรมสารีริกธาตุไว้[2]

อุโบสถเป็นอาคารรูปทรงมณฑปรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้าง 6 เมตร ยาว 12 แมตร หลังคาเป็นคอนกรีตเสริมเหล็กรูป พระเจดีย์ 5 ยอด ภายในเขียนภาพพุทธประวัติบนฝาผนัง บานประตู หน้าต่างทำด้วยไม้แกะสลัก ภายในอุโบสถประดิษฐานพระประธาน ทางวัดได้ทำพิธีเททองหล่อขึ้น เมื่อวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2522 เบิกพระเนตรเมื่อวันที่ 15 มีนาคม พ.ศ. 2523 วิหารหลวงพ่อโตภายในเป็นที่ประดิษฐานพระประธาน คือ หลวงพ่อโต สร้างเมื่อปี พ.ศ. 2496 โดยช่างชาวพม่าเป็นพระพุทธรูปขนาดใหญ่ มีขนาดหน้าตักกว้าง 4.85 เมตร จำลองมาจากพระศรีศากยมุนี (หลวงพ่อโต) ที่วัดสุทัศน์เทพวราราม วิหารมีความผสมผสานระหว่างสถาปัตยกรรมไทใหญ่ผสมตะวันตก อาคารมีผังเป็นรูปตัวแอล ผนังก่ออิฐถือปูน ประตู หน้าต่างตอนบนโค้ง ประดับลวดลายแบบสถาปัตยกรรมตะวันตก หลังคามุงสังกะสี เชิงชายมีลูกไม้ฉลุแบบขนมปังขิง[3]